جستجو
In silico microRNA analysis binding to Tomato spotted wilt virus in tomato
neda khoshkhatti1 omid eini2
Abstract :
Tospoviruses are enveloped viruses that causing diseases in a large number of crops such as tomato, watermelon and lettuce. The genome of tospoviruses consists of three ssRNA molecules. The RNA molecules are simply known as L (Large), M (Medium), and S (Small). The entire genome codes for six proteins via five different open reading frames (ORFs). Tomato spotted wilt virus (TSWV) is a common plant virus in temperate, subtropical, and tropical regions around the world. The disease affects around 800 different plant species, and has become a major constraint for tomato growers. MicroRNAs (miRNAs), a component of silencing machinery, regulate host development and responses to biotic and abiotic stresses. In animals, miRNAs were found to limit viral establishment by direct interference with viral replication or by targeting viral transcripts. However, such mechanisms have not been yet reported for plant viruses. In this study, we investigated the possible binding of tomato encoded miRNA sequences to the viral genome and/or encoded ORFs of TSWV. In silico analysis showed that several miRNA species including mir1919 and mir9471 can potentially target both genome of TSWV. This may suggest a novel role for plant miRNA in host-virus interactions and defense response.
Keywords : Keywords: Bioinformatics, miRNA, RNA hybrid, TSWV, Tomato
زبان مقاله : انگلیسی
محور مقاله : آنالیز شبکه های زیستی
محل انتشار : هفتمین همايش بیوانفورماتیک ايران
آدرس وب سایت کنفرانس : icb7.ir
ارسال کننده : ندا خوش خطی
کد IOI مقاله : XAAH-CBHDA
لینک مستقیم مقاله : https://isnac.ir/XAAH-CBHDA
مقالات مشابه
- بام سبز ، معماری پایداری ، و مصالح سبز وکاربرد آن در جهت کاهش مصرف انرژی
- Analysis And Design Of Active CMOS Mixer With Low IM2 & IM3
- تحلیل بافت های فرسوده شهری در راستای احیا و پیشگیری از فرسودگی (مطالعه موردی: محله درب نو گرگان)
- یهینه سازی مصرف انرژی در ساختمان(پنجره دوحداره)
- بررسی تأثیر حالات نفسانی کاربر بر انتخاب رنگ در فضای داخلی مسکونی
- بررسی عناصر کالبدی در باغ های تخت ایران ؛ مطالعه موردی باغ تخت قصر قجر و باغ شازده ماهان کرمان
- ارزیابی آسایش حرارتی اقلیمی براساس شاخص های ماهانی و اوانز و زیست اقلیمی جهت دستیابی به معماری پایدار نمونه مورد مطالعه : شهر همدان
- معماري همساز با اقلیم با تاکید بر مجتمع هاي مسکونی
- (برنامه ریزی معماری استفاده بهینه از نور روز در کلاس درس مدارس) نمونه موردی:دبستان مجتمع آموزشی هدایت قم
- نگاهی به معماری بومی در اقلیم گرم و مرطوب (سواحل جنوبی ایران)
- تحلیل و ارزیابی شاخص های پویایی در فضاهای شهری
- سیستم ساختمانی ترونکو، روشی نوین در معماری پایدار
- A Study on Sediment Settling Pattern in the Reservoir of Shahid Rajaie Dam by Using Observed Data & Empirical Methods
- علل بروز تخلفات مهندسی ساختمان در شهر ایلام
- Investigation of the Seismic Behavior of the Coupled Shear Walls
سایر مقالات ارائه دهنده
سایر مقالات محل انتشار
- Registration Paper
- ACon: predicting protein contact-map using additive neural networks and subgroups balancing method
- In Silico Design, Analysis and Structure Prediction of Tow New Chimeras of VK210/VK247CSP Antigen for Development of a Malaria Pre-erythrocytic Subunit Vaccine Candidate
- Bioinformatics for Plant genome
- In silico evaluation and prediction of intra/inter-species relationships & properties of antigenic region 4 of HA protein of swine influenza H1N1 virus in Iran in order to present a proper candidate for vaccine
- In-silico evaluation of Human papioma virus L1 protein in order to present effective vaccine candidate
- Assessing the stability of a drug-like inhibitory peptide in complex with β-Catenin using umbrella sampling
- Immunogenic epitopes prediction of SP15 protein of Phlebotomus papatasi salivary gland by bioimmunoinformatic
- Molecular docking study on anticancer activity of phycocyanobilin
- Engineering of ovine pancreatic Ribonuclease for increasing of cytotoxicity activity: an in silico approach
- Feature Selection in Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR) Study: Combining Firefly and Neural Network methods
- Molecular Dynamics Studies of Truncated Human Cathelicidin LL:37 Peptide Interacting with a Bacterial Model Membrane
- Bioinformatic analysis of acyl carier protein (ACP) in eukaryotes and prokaryotes