بررسی پلیمورفیسم های تک نوکلئوتیدی مؤثر بر بیماری آنفولانزا با استفاده از داده های RNA-Seq

الهام بهدانی¹ محمد حسین بنابازی²

1) دانشجوی مقطع دکتری، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین-خوزستان
2) عضو هیئت علمی موسسه تحقیقات علوم دامی کشور

محل انتشار : سومین کنفرانس بین المللی توسعه پایدار، راهکارها و چالش ها با محوریت کشاورزی ، منابع طبیعی، محیط زیست و گردشگری(3icsda.ir)
چکیده :
شناسایی اختلافات ژنتیکی نقش مهمی در فهم ارتباط بین ژنوتیپ و فنوتیپ دارد. در این مطالعه به منظور بررسی ژن¬ها/ پلیمورفیسم¬های تک نوکلئوتیدی تأثیرگذار بر مکانیسم مولکولی مقاومت ژنتیکی نسبت به آنفولانزا طیور به فراخوانی پلیمورفیسم-های تک نوکلئوتیدی پرداخته شد. داده¬های توالی¬یابی اسید ریبونوکلئیک مربوط به دو لاین فاریومی و لگهورن که دارای واکنش ایمنی متفاوت در برابر آنفولانزای طیور هستند، پیاده¬سازی شده و کیفیت آنها به کمک FastQC بررسی گردید. ویرایش داده¬ها با استفاه از Fastx انجام شد. نرم¬افزار TopHat2 به منظور مکان¬یابی و SAMtools 0.1.19 جهت فراخوانی پلیمورفیسم¬های تک نوکلئوتیدی مورد استفاده قرار گرفت. در این مطالعه 37677 مورد پلیمورفیسم تک نوکلئوتیدی در لاین فاریومی مشاهده شد که تعداد 645 مورد تنها در لاین فاریومی موجود بود و در پلیمورفیسم¬های تک نوکلئوتیدی فراخوانی شده در لاین لگهورن وجود نداشت. بعد از شناسایی ژن¬های مرتبط به آن 645 پلیمورفیسم، مشخص شد که 18 تا از این ژن¬ها جزء ژن¬هایی می¬باشند که بین دو لاین تفاوت بیان ژنی متفاوتی را نیز داشته¬اند. نتایج نشان داد مسیرهای سیگنالدهی Wnt، تولید سیتوکین¬ها و چسبندگی سلولی از مهمترین مسیرهای ژنی می¬باشد که در مقاومت به بیماری آنفولانزای طیور تأثیرگذار است.
کلمات کلیدی : پلیمورفیسم تک نوکلئوتیدی مقاومت به آنفولانزای طیور داده¬های RNA-Seq