افزایش سرعت پردازش داده های بیوانفورماتیک با استفاده از فریم ورک PARSRA
افزایش سرعت پردازش داده های بیوانفورماتیک با استفاده از فریم ورک PARSRA
زهرا رجائی1
1) دانشجوی کارشناسی ارشد مهندسی نرم افزار دانشگاه آزاد اصفهان
محل انتشار :
کنگره بین المللی مهندسی، فناوری و نوآوری(eticong.com/1st)
چکیده :
رشد مجموعه داده‌های توالی‌یابی نسل بعدی به عنوان یک چالش برای همترازی خوانش‌ها به ژنوم‌های مرجع به لحاظ دقت و سرعت به شمار می‌رود. در این مقاله parSRA، چارچوبی موازی برای سرعت بخشیدن به اجرای همتراز کنندگان خوانش کوتاه موجود بر روی سیستم‌ها با حافظه توزیع شده ارائه می‌شود. parSRA را می‌توان برای موازی‌سازی چندین ابزار همتراز کننده خوانش کوتاه نصب شده در سیستم، بدون هیچ گونه تغییر در کد منبع آن‌ها، به کار گرفت. نشان می‌دهیم که چارچوب ما مقیاس‌پذیری خوبی را بر روی یک خوشه‌ی محاسباتی برای سرعت بخشیدن به همتراز کنندگان محبوب BWA-MEM و Bowtie2 فراهم می‌کند. به طور متوسط، این چارچوب می‌تواند همترازی توالی را بر روی 16 گره 64 هسته‌ای (در مجموع 1024 هسته) با افزایش سرعت 10.48 در مقایسه با ابزارهای چندنخی اصلی در حال اجرا بر روی 64 نخ در یک گره، سرعت بخشد. همچنین سریعتر و مقیاس‌پذیرتر از چارچوب‌های pMap و BigBWA است. کد منبع parSRA در C++ و UPC++ در حال اجرا بر روی سیستم‌های لینوکس با پشتیبانی از FUSE به طور رایگان در https://sourceforge.net/projects/parsra/ در دسترس است.
کلمات کلیدی :
همترازی خوانش کوتاه
محاسبات با عملکرد بالا
خوشه‌های چند هسته‌ای
بیوانفورماتیک
PGAS.