جستجو

  1. صفحه اصلی
  2. مقالات
  3. جستجو

Immunogenic epitopes prediction of SP15 protein of Phlebotomus papatasi salivary gland by bioimmunoinformatic

Elahe Davarpanah1 Negar Seyed2 Reza Safaralizadeh3 Sima Rafati4 Tahereh Taheri5

Abstract :
Abstract: SP15 is one of the most immunogenic proteins of Phlebotomus papatasi saliva, the vector of Leishmania major that drives Th1 response in cutaneous leishmaniasis infection. Here, we tried to predict the immunogenic T-cell epitopes of SP15 using computational prediction for epitope-based vaccine design in future [1]. Online software including SYFPEITHI, RANKPED, NETMHC, and IEDB were used for both HLA class I (HLA-A*0201) and HLA class II (HLA-DRB*10101) prediction. EpiJen and NETCTL were also used for HLA class I prediction. IC50 below 500 for Machine Learning Methods and a score over 20 for SYFPEITHI was used as threshold of prediction [2,3]. Peptides were selected if predicted by at least 3 different algorithms. By evaluating the results, we observed that the epitope KADIRKIMEHCAKKVKKQA (amino acids 61-79) was made up of high scored T-helper epitopes (KADIRKIMEHCAKKV, DIRKIMEHCAKKVKK, IRKIMEHCAKKVKKQ, RKIMEHCAKKVKKQA). The hallmark of this peptide region is a 9-mer core sequence (IMEHCAKKV) that is a strong HLA-A*0201 binder potentially cleaved by proteasome. Two other peptides AIQEYDKTI and YQYYGFVAM were also predicted to be good binders to HLA-A*0201predicted by at least 3 different software. Here we advantaged the potential of computational tools to predict T cell epitopes of SP15. SP15 is a potential vaccine candidate and here we demonstrated that this protein contains peptide regions that can strongly stimulate T cell responses (both CD4 and CD8). It is noteworthy to further evaluate the in vitro and in vivo immunogenicity of this epitope for further peptide vaccine design.
Keywords : Phlebotomus papatasi, SP15, epitope, HLA I/II.

زبان مقاله : انگلیسی
محور مقاله : بیوانفورماتیک ساختاری
محل انتشار : هفتمین همايش بیوانفورماتیک ايران
آدرس وب سایت کنفرانس : icb7.ir
ارسال کننده : الهه داورپناه
کد IOI مقاله : XAAH-BKBHF
لینک مستقیم مقاله : https://isnac.ir/XAAH-BKBHF

گواهی دیجیتال(دانلودی) گواهی چاپی لوح نمایه مقاله
مقالات مشابه
  1. بام سبز ، معماری پایداری ، و مصالح سبز وکاربرد آن در جهت کاهش مصرف انرژی
  2. Analysis And Design Of Active CMOS Mixer With Low IM2 & IM3
  3. تحلیل بافت های فرسوده شهری در راستای احیا و پیشگیری از فرسودگی (مطالعه موردی: محله درب نو گرگان)
  4. یهینه سازی مصرف انرژی در ساختمان(پنجره دوحداره)
  5. بررسی تأثیر حالات نفسانی کاربر بر انتخاب رنگ در فضای داخلی مسکونی
  6. بررسی عناصر کالبدی در باغ های تخت ایران ؛ مطالعه موردی باغ تخت قصر قجر و باغ شازده ماهان کرمان
  7. ارزیابی آسایش حرارتی اقلیمی براساس شاخص های ماهانی و اوانز و زیست اقلیمی جهت دستیابی به معماری پایدار نمونه مورد مطالعه : شهر همدان
  8. معماري همساز با اقلیم با تاکید بر مجتمع هاي مسکونی
  9. (برنامه ریزی معماری استفاده بهینه از نور روز در کلاس درس مدارس) نمونه موردی:دبستان مجتمع آموزشی هدایت قم
  10. نگاهی به معماری بومی در اقلیم گرم و مرطوب (سواحل جنوبی ایران)
  11. تحلیل و ارزیابی شاخص های پویایی در فضاهای شهری
  12. سیستم ساختمانی ترونکو، روشی نوین در معماری پایدار
  13. A Study on Sediment Settling Pattern in the Reservoir of Shahid Rajaie Dam by Using Observed Data & Empirical Methods
  14. علل بروز تخلفات مهندسی ساختمان در شهر ایلام
  15. Investigation of the Seismic Behavior of the Coupled Shear Walls
سایر مقالات ارائه دهنده
  1. Immunogenic epitopes prediction of SP15 protein of Phlebotomus papatasi salivary gland by bioimmunoinformatic
سایر مقالات محل انتشار
  1. Registration Paper
  2. ACon: predicting protein contact-map using additive neural networks and subgroups balancing method
  3. In Silico Design, Analysis and Structure Prediction of Tow New Chimeras of VK210/VK247CSP Antigen for Development of a Malaria Pre-erythrocytic Subunit Vaccine Candidate
  4. Bioinformatics for Plant genome
  5. In silico evaluation and prediction of intra/inter-species relationships & properties of antigenic region 4 of HA protein of swine influenza H1N1 virus in Iran in order to present a proper candidate for vaccine
  6. In-silico evaluation of Human papioma virus L1 protein in order to present effective vaccine candidate
  7. Assessing the stability of a drug-like inhibitory peptide in complex with β-Catenin using umbrella sampling
  9. Immunogenic epitopes prediction of SP15 protein of Phlebotomus papatasi salivary gland by bioimmunoinformatic
  11. Molecular docking study on anticancer activity of phycocyanobilin
  12. Engineering of ovine pancreatic Ribonuclease for increasing of cytotoxicity activity: an in silico approach
  13. Feature Selection in Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR) Study: Combining Firefly and Neural Network methods
  14. Molecular Dynamics Studies of Truncated Human Cathelicidin LL:37 Peptide Interacting with a Bacterial Model Membrane
  15. Bioinformatic analysis of acyl carier protein (ACP) in eukaryotes and prokaryotes